根据广东省文物局的安排，珠海市博物馆于2011年4月至8月间对珠海市东澳岛海关遗址进行了调查与勘探。

    通过调查与勘探，东澳岛海关遗存中除报关船泊船处外，均位于山坡上，目前山坡上植被茂盛，并且部分遗迹，如生活区遗迹、水井遗迹位于禁区，人迹罕至，遗址被保存下来。但报关船泊船处环境因上世纪80年代在东澳湾建防波堤时已遭破坏。水手房遗迹、办公区遗迹、生活区遗迹的房屋已坍塌，并因上世纪初村民建房搬迁砖石和挖宝遭到一定程度的破坏，但遗迹现象明显。烽火台已坍塌。海关古道现存线性遗迹，至少存两大段，分别为98 米和85米。水井遗迹保存较好，但因年久月深，井内填埋大量物质。

    海关遗存中水手房遗迹、办公区遗迹、生活区遗迹有房址，其房屋建筑特点为：

砖石结构，大体上为坐西北朝东南，平面为长方形，建筑占地面积不大，如水手房面积22.5平方米，办公区F2面积44.16平方米，生活区F5面积70平方米。

屋顶铺设橙红色板瓦和筒瓦；脊瓦为筒瓦大小端相套，外批灰砂，灰砂表面有的涂黑色油漆。

墙基为稍整地面后砌墙，所处平台外围有石砌挡土墙，如我们对生活区遗迹中F5的一段长45厘米的青砖墙体北侧作剖面清理观察，青砖墙体残高42厘米，最下一层青砖有灰砂批荡痕迹，其砌筑方法为对黄灰色沙土平整，再采用平砖顺砌错缝的方法砌筑青砖，未见基槽。所有墙脚用灰砂批荡，外涂黑色油漆，形成一周黑色墙裙。

青砖有三种以上的大小不同型号，但都不规范，存在偷工减料情况，如最小型号的青砖标准长为24厘米（当地称为24墙），但只有23.5厘米，其中水手房遗迹、办公区遗迹、生活区遗迹F4和F5墙体及水沟两侧为最小型号的青砖，但F6有另外两种型号的青砖，可能F6所建年代与其它遗迹不一致或者是受台风破坏后的维修。

地板（包括平台）存在三种情况：一是橙红色方形地板砖铺地，二是青砖铺地，其上批荡含水泥成份的灰砂，三是含水泥成份的灰砂直接铺地。

排水设施包括排水沟和散水，排水沟有五种情况，一是青砖砌筑，二是用板瓦铺设，三是用筒瓦大小端相套，四是用灰砂铺设，五是在地面挖成一条排水沟（如办公区遗迹外围弧形排水沟）；散水包括两种：一是用青砖靠墙基稍微倾斜平铺，表面批荡灰砂，外涂黑色油漆（如办公区F2西墙基外侧散水），二是用灰砂铺地，外涂黑色油漆（如生活区遗迹F5散水）。

从生活区遗址中采集到的玻璃残片分析，窗户可能用玻璃。虽有疑似门上的残铁器构件发现及F6有门槛石，但门的具体情况不明。

本次调查与勘探，发现了东澳岛海关遗址中的报关船泊船处、水手房遗迹、办公区遗迹、生活区遗迹、水井遗迹、海关古道遗迹、烽火台遗迹，涉及海关工作、生活的方方面面，内容丰富，特别是建筑结构的勘探，为还原东澳岛海关建筑特色提供了翔实的资料。其次，作为拱北关远离陆地上的一处海岛海关遗迹，由于海岛经济开发缓慢、地理位置偏僻及重要性等原因，各遗迹单位能被相对完整地保存下来，在拱北关保存下来的极少数分卡中是难得的，为研究拱北关史提供了相对完整的实证材料。最后，拱北关档案现存仅为1949年清点时3016册中的1%，可以说，绝大部分档案材料涉及的内容只能从总税务司署档案中略窥一二。这是研究拱北关史的桎梏。东澳岛海关遗址中七处遗迹的发现，从考古实证的角度补充了拱北关史的内容。